Début
Introduction
Identification des homologues
Localisation intracellulaire
Domaines transmembranaires
Modèles structuraux
Sites de phosphorylation et d'ancrage de phosphatidyl inositol
Discussion
Matériel supplémentaire
Bibliographie
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Localisation intracellulaire
Une analyse de COR413-PM et COR413-TM révèle que ceux-ci sont riches en acides aminés hydrophobes, ce qui suggère fortement une localisation intra-membranaire. De plus, des résidus importants pour la structure et/ou l'activité des protéines, comme les résidus Cys et Pro, sont également conservés. Toutefois, les extrémités N-terminales des deux sous-familles ne sont que très faiblement conservées (figure 2). Ces résultats proviennent des analyses d'alignements multiples faits avec ClustalW et ALIGN.
S2 S3 S4
----------TMD2---------- é ec1 --------TMD3--ù---- ic2
TaCOR413-PM1 75 WKTNMLTGLLVPYIFFTMPGLLFGFIRGEIGAWIAFVVVVLRLFFPRHFPDWLELPGSLILLTVVAPAIFADTFRGSWLI
HvCOR413-PM1 75 WKTNMLTGLLVPYIFFTMPSLLFSFIRGEIGSWIAFVVVVLRLFFPRHFPDWLELPGSLILLTAVAPSIFADTFRGSWLI
ZmCOR413-PM1 79 WKTNMLTALLVPYIFFTLPNVLFSLIRGEVGKWIAIIAVILRLFFPRHFPDWLELPGSIILLTVVAPSLFADSFRG--DL
SbCOR413-PM1 80 WKTNMLTALLVPYIFFTLPNVLFSLIRGEVGKWIAIIAVILRLFFPRHFPDWLELPGSIILLTVVAPSLFADTLRG--DI
OsCOR413-PM1 77 WKTNMLTALLVPYIFFTLPGGLFSLLRGEIGKWIAIIAVILRLFFPRHFPDWLELPGAVILLIAVAPNLFASTFRG--DL
TaCOR413-PM2 75 WKTNMLTGLLVPYIFFTLPGVLFSLVRGEVGAWIAFVVVILRLFFPRHFPDWLELPGSLILLTVVAPSLFADHFRN--DL
HvCOR413-PM2 75 WKTNMLTGLLVPYIFFTLPGVLFSLIRGEVGAWIAFIVVILRLFFPRHFPDWLELPGSLILLTVVAPSLFADHFRN--DL
AtCOR413-PM2 70 WKTKMLTSLLIPYIFLSLPSVIFNFLSGDVGKWIAFVAVVLRLFFPKHFPDWLEMPGSLILLLVVSPHFLAHHIRG--TW
LeCOR413-PM2 69 WKTNMLTGLLVPYIFFSFPAVLFHFFRGEVGKWIAFVAVVLRLFFPRHFPDWLEMPGSLILLLVVSPNIFAHTFRD--SW
AtCOR413-PM1 67 WKTNMLTSLLIPYIFFSLPSLIFGIFRGEIGKWIAFVAVVVQLFFPKHAREYLELPVALVLLAVVAPNLIAGTFRD--SW
LeCOR413-PM1 65 WRSNILTTLLIPYIFLSFPSLLFGLFRGDFGKWLSLIAVITRLFFPKHFPDWLEAPAALVLLMVVSPSFLADTIRD--NW
MtCOR413-PM1 65 WKTNILTSLLIPYIFFSLPSFVFYVLRGEIGKWIALVAVVLRLFIPKHFPDWLELPGALILLIVVSPDLVASTFRN--DL
MtCOR413-PM2 66 WKTNILTSLLIPYIFFSLPSFVFAVFRGEIGKWIALVAVVLRLFIPKHFPDWLELPGALILLIVVSPDLVASTFRN--DL
GmCOR413-PM1 65 WKTNILTALLIPYIFFSLPSLIFDVFRGELGKWIAAVAVVLRLFLPRHFPDWLELPGALILLIVVAPSLIASTFRD--NI
MtCOR413-PM3 60 WKTNIFTSLLIPYIFLSLPSWIFSIFRAEIGRWIALIAVVLRLFFPRHFPDWLELPAALILLIVVAPDLFANTFRS--DA
* * * * * *
Figure 2. Alignements multiples de membres de la famille COR413. Régions transmembranaires 2 et 3 (TMD2, TMD3), ainsi que les acides aminés structuraux et/ou importants pour l'activité (indiqués par une étoile *). (Extrait des données supplémentaires de Breton et al., 2003).
Une analyse plus poussée utilisant PSORT (http://psort.nibb.ac.jp/), a permis de déterminer l'absence de signal cible de rétention dans les séquences des membres de COR413-PM. Par contre, le programme suggère une localisation membranaire (tableau 3). SignalP et SignalP-HMM (http://www.cbs.dtu.dk) ont été utilisés afin de préciser les résultats des analyses de PSORT. Leurs résultats confirment ceux de PSORT en suggérant une localisation ciblée à la membrane plasmique des protéines COR413. Finalement, des prédictions de la topologie à l'aide de TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk) et des outils du Network Protein Sequence Analysis (http://pbil.ibcp.fr/) ont été utilisées afin de préciser le positionnement des régions N et C-terminales des protéines ainsi que la présence d'une charnière de 20 à 25 acides aminés (figure 3). Cette dernière formant probablement une structure en hélice-alpha. Des analyses semblables sur les membres de la famille COR413-TM ont révélé que ceux-ci sont localisés à la membrane du thylakoïde.
TaCOR413-PM1 1 MAK---SFLAMKTGPAAG--ASEASQALLESDLRELTMAARKLANHAIVLGGGIG-FIGTFLQWLAFAAAVYLLVLDKTN
HvCOR413-PM1 1 MAN---SFLSMKTGPAAG--ASEASQALLESDLRELTMAARKLANHAIVLGGGLG-FIGTFLQWLAFAAAVYLLVLDKTN
ZmCOR413-PM1 1 MGKGFASYLAMKTGPEGGD-AAAAQQALIDADLRELGVAARKLANHAFVLGGGLG-FGTSFLKWLAFLAAVYLLILDRTN
SbCOR413-PM1 1 MGKGFASYLAMKTGPEGGGPAAAAQQALIDADLRELGVAARKLANHAFVLGGGLG-FGTSFLKWLAFFAAVYLLILDRTN
OsCOR413-PM1 1 MGKGFMSYLAMKTDAAGG---EAAQAALIDADLQELGVAARKLANHALVLGGGLG-FGTTFLKWLAFFAAVYLLILDRTN
TaCOR413-PM2 1 MAP---SFLAMKAGAASG--ASEAAQALLESDLRELGMAARKLANHAIVLGGGLG-FGRHFLKWLAFIAAVYLLVLDRTN
HvCOR413-PM2 1 MAP---SFLAMKTGAASG--ASEAAQALLESDLRELGMAARKLANHAIVLGGGLG-FGRHFLKWLAFIAAVYLLVLDRTN
AtCOR413-PM2 1 --MGRMDYLAMKTDDVDT-------VALVNSDMEELKVAAKKLFSDVSKLGG-LG-FGVSFLKFLASFAAIYLLILDRTN
LeCOR413-PM2 1 --MGRMDYLAMKT-DEDT-------NKLINEDLNELKLAAEKLFDHATKLGG-LG-FGTSLLKWIASFAAIYLLILDRTN
AtCOR413-PM1 1 -----MPMKSLRNDHGTL-------KAMIGSDFNELTIAAKNLATHAFTLTG-LG-FGTSVLEWVASIAAIYLLVLDRTN
LeCOR413-PM1 1 -------MKSYWREASVG-------SDMIDSDLKEIGIAAKKLANHAIMLGG-IG-FGTSFLKWIASFAAIYLLILDRTN
MtCOR413-PM1 1 ------MWNKMNFQEEA--------VQVMNSDFKDLSEVASRLANHAIKFAG-IG-WGGSFFGFFAAVAAIYLLVLDRTN
MtCOR413-PM2 1 ------MWNRMNFQEEA--------VQIMNSDFKDLSEAASKLANHAIKLAG-VGGFGASFFGFFAAVAAIYLLVLDRTN
GmCOR413-PM1 1 ------MWKRTGFEEEA--------VQLINSDFRDLSLAANRLAHHAIKLGG-IG-FGASFFGLFAAIAAIYLLILDRTN
MtCOR413-PM3 1 --------MRIDFEDEAA-------AQLITSDLTDLALAAN-----NFILLG-VSGSGISVLQLIASIAAIYLLILDRTN
------alpha helix------ G-rich
Figure 3. Région charnière formant une structure en hélice-alpha prédite par les outils du Network Protein Sequence Analysis. (Extrait des données supplémentaires de Breton et al., 2003).
Tableau 3. Signaux cibles et prédictions structurales des membres de la famille COR413-PM par PSORT et SignalP.
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Table III (Supplemental data). Targeting signals and structure predictions of the COR413-PM protein family. |
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Name |
Targeting localization and scorea |
Signal type and scoreb |
Topology predictionc |
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TaCOR413-PM1 |
c.t.m. (0.752); p.m (0.600) |
signal anchor (0.957) |
6 TMD N-in; C-in |
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TaCOR413- PM2 |
c.t.m. (0.866); p.m. (0,600) |
signal anchor (0.003) |
6TMD N-in; C-in |
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HvCOR413- PM1 |
c.t.m. (0.844); p.m (0.600) |
signal anchor (0.955) |
6TMD N-in; C-in |
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HvCOR413- PM2 |
c.t.m. (0.849); p.m. (0.600) |
signal anchor (0.004) |
6TMD N-in; C-in |
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OsCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.409) |
signal anchor (0.007) |
5TMD N-out; C-in |
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ZmCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); g.b. (0.400) |
signal anchor (0.007) |
5TMD N-out; C-in |
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SbCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.413) |
signal anchor (0.010) |
5TMD N-out; C-in |
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AtCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.487) |
signal anchor (0.059) |
5TMD N-out; C-in |
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AtCOR413- PM2 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.441) |
signal anchor (0.009) |
5TMD N-out; C-in |
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MtCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.402) |
signal anchor (0.681) |
5TMD N-out; C-in |
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MtCOR413- PM2 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.506) |
signal anchor (0.857) |
5TMD N-out; C-in |
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MtCOR413- PM3 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.417) |
signal anchor (0.631) |
5TMD N-out; C-in |
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GmCOR413- PM1 |
c.t.m. (0.619); p.m. (0.600) |
signal anchor (0.991) |
5TMD N-out; C-in |
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LeCOR413- PM1 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.447) |
signal anchor (0.067) |
5TMD N-out; C-in |
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LeCOR413-PM2 |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.441) |
signal anchor (0.044) |
5TMD N-out; C-in |
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Mean |
p.m. (0.600); c.t.m. (0.551) |
signal anchor (0.350)
signal peptide (0.06) |
5TMD N-out 11/15
C-in 15/15 |
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a PSORT was used to predict the cellular localization p.m.: plasma membrane, c.t.m.: chloroplast thylakoid membrane, g.b.: golgi bodies
b SignalP was used to predict the presence of a signal peptide or anchor.
c TMHMM was used for topology prediction N-in: N-terminal inside; N-out: N-terminal outside; C-in: C-terminal inside; C-out: C-terminal outside |
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