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Identification des homologues Sites de phosphorylation et d'ancrage de phosphatidyl inositol
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Identification des homologues des gènes cor413 Suite à l'isolation de clones d'une librairie d'ADNc de blé acclimaté au froid, un de ceux-ci, Tacor413-pm1, a été sélectionné en vue d'une caractérisation plus poussée. Une analyse de sa séquence a révélé un cadre de lecture ouvert de 210 acides aminés. La protéine en résultant est hautement hydrophobe et possède un pI de 9,0. Une recherche de séquences homologue avec BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) en utilisant la base de données des séquences non-redondantes de GenBank n'a trouvé aucun homologues. Une recherche utilisant les EST a révélé de nombreux homologues chez les plantes. Des alignements multiples avec ALIGN et ClustalW (http://workbench.sdsc.edu/) ont permis de regrouper ces gènes en deux groupes distincts (tableau 1). Le premier nommé COR413-PM, contient des protéines ayant plus de 54 % d'identité globale avec TaCOR413-PM1. Le second, COR413-TM, rassemble des protéines ayant moins de 30 % d'dentité globale avec TaCOR413-PM1. Pourtant, une région de 40 acides aminés démontre un haut degré d'homologie entre les deux groupes (figure 1). Tableau 1
---TMD1-- ic1 ----------TMD2---------- é ec1 --------TMD3--ù---- AtCOR413-PM1 53 SIAAIYLLVLDRTNWKTNMLTSLLIPYIFFSLPSLIFGIFRGEIGKWIAFVAVVVQLFFPKHAR----EYLELPVALVLLAVVAPNLIAG Figure 1. Régions de 40 acides aminés (entre crochets) démontrant un haut degré d'homologie entre les différents membres des protéines COR413. Ici, seuls certains d'entre eux sont représentés. (Extrait des données supplémentaires de Breton et al., 2003). Une recherche dans les données d'EST des séquences génomiques de céréales et du riz ont permis d'identifier des membres COR413-PM chez le blé, le maïs et l'orge, tandis qu'un seul membre a été identifié chez le riz. Des membres de cette famille sont également retrouvés chez Arabidopsis. Pour ce qui est de la famille COR413-TM, un seul représentant est identifié chez les céréales et deux chez Arabidopsis. La base de données d'EST a finalement révélé des membres de la famille COR413 chez la tomate, le soya, le coton et chez les conifères, ainsi que de nombreuses autres espèces de plantes (tableau 2). Tableau 2. Espèces de plantes chez lesquelles des membres de la famille COR413 ont été retrouvé par recherche dans les bases de données d'EST. (Extrait des données supplémentaires de Breton et al., 2003).
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