Les recherches du laboratoire de Bioinformatique dirigé par le professeur Vladimir Makarenkov portent sur le data mining et la classification des données, ainsi que sur le développement d'algorithmes, de logiciels et de bases de données bioinformatiques. Mes intérêts de recherche incluent la conception d’algorithmes de (1) classification d’objets et d’espèces (p.ex. les algorithmes de type k-means ou le clustering hiérarchique), (2) d’inférence d'arbres et de réseaux phylogénétiques, (3) l'analyse statistique des données de criblage à haut débit (technologie efficace de recherche de nouveaux médicaments), de même que (4) la conception et le développement de nouveaux logiciels et sites web.
  • Professeur

    Vladimir Makarenkov
    Full professor / Professeur titulaire
    Département d'Informatique, Université du Québec à Montréal
    CV and publications

    Étudiants actuels

    Postdocs

    Etienne Lord
    Postdoc / chercheur postdoctoral
    lord.etienne at courrier.uqam.ca

    Ph.D. / Doctorat

    Nadia Tahiri
    Master's (finished) and Ph.D student / étudiante à la maitrise (terminée) et au doctorat en informatique
    tahiri.nadia at courrier.uqam.ca
    Matthieu Willems
    Master's (finished) and Ph.D student / étudiante à la maitrise (terminée) et au doctorat en informatique
    willems.matthieu at courrier.uqam.ca
    Iurie Caraus
    Ph.D student / étudiant au doctorat en informatique

    Alexandre Gondeau
    Ph.D student / étudiant au doctorat en informatique




    Master's students / Maitrise

    Nancy Badran
    Master's student / étudiante à la maitrise en informatique


    Nadine Bisson
    Master's student / étudiante à la maitrise en informatique



    Anciens étudiants et post-docs

    Postdocs

    Laszlo Szathmary
    Postdoc
    Emploi actuel: Professor at University of Debrecen, Hungary
    Dmytro Kevorkov
    Postdoc
    Emploi actuel: Research Associate, Concordia University, Montreal
    Alena Tsikhanovich
    Postdoc
    Emploi actuel: Senior Researcher, Famic Technologies Inc., Montreal
    Alix Boc
    Postdoc
    Web Site
    Emploi actuel: Senior software developer at Code3, Montreal
    Chérif Mballo
    Postdoc
    Emploi actuel: Conseiller Sénior en Modélisation Statistique, Gestion du Risque de Crédit chez Desjardins, Levis, QC
    Jingxin Xie
    Postdoc
    Emploi actuel: Senior Research Engineer at Nuance Communications, Montreal
    Andrei Gagarin
    Postdoc
    Emploi actuel: Research Associate, Royal Holloway, University of London

    Ph.D students / Étudiants au doctorat

    Alix Boc
    Master's and Ph.D student / étudiant à la maitrise et au doctorat en informatiqueWeb Site
    Emploi actuel: Senior software developer at Code3, Montreal
    Etienne Lord
    Ph.D student / étudiant au doctorat en informatique
    Emploi actuel: Postdoctoral fellow, Université de Montréal/Université du Québec à Montréal
    lord.etienne at courrier.uqam.ca
    Dunarel Badescu
    Master's and Ph.D student / étudiant à la maitrise et au doctorat en informatique
    Emploi actuel: Bioinformatics specialist, McGill University
    Plamen Dragiev
    Ph.D student / étudiant au doctorat en informatique
    Emploi actuel: Senior software developer, Ericsson, Montreal
    Mehdi Layeghifard
    Ph.D student / étudiant au doctorat en sciences biologiques
    Emploi actuel: Postdoctoral researcher, University of Toronto
    Alpha Boubacar Diallo
    Master's and Ph.D student / étudiant à la maitrise et au doctorat en informatique
    Emploi actuel: Bioinformatics specialist, DNAnexus, Mountain View, California, USA
    Dung Nguyen
    Ph.D student / étudiant au doctorat en informatique cognitive
    Emploi actuel: Senior software developer, Banque Nationale, Montreal
    Abdoulaye Banire Diallo
    Master's and Ph.D student / étudiant à la maitrise et au doctorat en informatique
    Emploi actuel: Professor, Computer Science, Université du Québec à Montréal


    Master's students / Étudiants à la maitrise*

    Pablo Zentilli
    Master's student / étudiant à la maitrise en informatique
    Emploi actuel: Software developer, Analystik inc, Montréal
    Tania Joly
    Master's student / étudiante à la maitrise en informatique
    Emploi actuel: Applications Analyste, Société de transport de Montréal
    Adel Younes
    Master's student / étudiant à la maitrise en informatique
    Emploi actuel: Software developer, ST2i, Montréal
    Rabah Djema
    Master's student / étudiant à la maitrise en informatique
    Abdellah Mazouzi
    Master's student / étudiant à la maitrise en informatique
    * Master's students who continued their graduate studies at the PhD level are indicated in the PhD students list/ Les étudiants de maitrise qui ont ensuite continué au doctorat sont indiqués dans la liste des étudiants de doctorat.
  • Dernières publications

    Liste complète des publications

    Logiciels développés






  • T-REX web server (link) The T-REX web server allows users to perform several popular methods of phylogenetic analysis as well as some new phylogenetic applications for inferring, drawing and validating phylogenetic trees and networks which we have developed.

    Standalone software Program T-REX (tree and reticulogram reconstruction)
    Armadillo workflow platform (link) Armadillo is a workflow platform dedicated to phylogenetic as well as general bioinformatics analysis. A number of important computational biology tools have been included in the first release. The Armadillo platform is open-source and allows users to develop their own modules and/or integrate existing computer applications.
    HTS Corrector (link) HTS Corrector software is designed to examine and visualize HTS data and correct experimental HTS assays.
    Program OVW (link) Optimal variable weighting for ultrametric and additive clustering and k-means partitioning (Université de Montréal).
    Linear and Polynomial RDA and CCA (link) Linear and polynomial canonical analysis (Université de Montréal).
    Robinson and Foulds software (link) Program for computation of the Robinson and Foulds topological distance between two phylogenetic trees. (Université de Montréal).