Cours BIF7002 (Séminaire de Bioinformatique)

Exemples de rapports et pages web

Henry Xing (Bioinformaticien, CHU Sainte-Justine Research Centre)

Titre : Présentation sur Nanopore sequencing

Résumé : The idea of nanopore sequencing goes back to the 1980s, suggesting that it might be possible to sequence a single strand of DNA through a nanopore by electrophoresis. Decades later, with scientific, technologic progress and larger computational capacities, this approach is now applicable to genome-wide sequencing, helping to assemble genomes and identify structural variants in many diseases. Nanopore sequencing has become very efficient, being real-time and portable, allowing for sequencing of long-reads as well as dRNA (direct RNA) sequencing.

Présentation d'Henry Xing

Rapport de Gayane Barseghyan et Sandrine Lacoste

Mohamed Amine Remita (Département d'informatique, UQAM)

Titre : CASTOR : Une approche originale pour la classification des séquences génomiques

Résumé : Le séquençage à haut débit a permis de séquencer les génomes de milliers de virus. Chaque souche virale nouvellement séquencée doit être classée et génotypée afin de déceler son pouvoir pathogène ou cancérigène. Les techniques de génotypage actuelles issues de la biologie moléculaire (hybridation, RFLP, PCR, etc.) ou de la bioinformatique (alignement de séquences et phylogénie, etc.) sont couteuses en termes d’argent, de temps et de ressources. Nous avons développé CASTOR, une approche efficace et rapide de classification des séquences génomiques basée sur l’apprentissage supervisé et sur la technique de biologie moléculaire RFLP. Cette approche est indépendante de la structure et de la fonction des séquences nucléotidiques. CASTOR est implémenté dans une plateforme web conçue pour faciliter la réutilisation, le partage et la reproductibilité des expériences de la classification.

Orateur : Abdoulaye Baniré Diallo (Département d’Informatique, Université du Québec à Montréal et McGill Centre for Bioinformatics, McGill University)

Titre : Une étude de l’évolution des génomes du virus du papillome humain

Résumé

Présentation

Chargés du rapport sur cette conférence : Matthieu Willems, Guillaume Diagne et Ahmed Chihane

Rapport

Orateur : Mathieu Blanchette (McGill Centre for Bioinformatics, McGill University).

Titre : Algorithmes et applications de l'analyse comparative de séquences