Laboratoire de Vladimir Makarenkov

Mes int�r�ts de recherche portent principalement sur la bioinformatique, l'analyse des donn�es et l'apprentissage automatique. Ils incluent la conception d�algorithmes permettant de : (1) classifier des objets ou des esp�ces donn�(e)s (p.ex. l'algorithme des k-moyennes, le clustering hi�rarchique, les algorithmes d'apprentissage supervis�), (2) reconstruire des arbres et r�seaux �volutifs, (3) analyser des donn�es de criblage � haut d�bit pour am�liorer le processus de d�couverte de nouveaux m�dicaments. Je participe �galement au d�veloppement de nouveaux logiciels et bases de donn�es en rapport avec ces th�matiques de recherche.

Professeur

Vladimir Makarenkov
Full professor / Professeur titulaire
D�partement d'Informatique, Universit� du Qu�bec � Montr�al
CV and publications

�tudiants actuels

Postdocs


	Etienne Lord Postdoc / chercheur postdoctoral lord.etienne at courrier.uqam.ca

Ph.D. / Doctorat


	Nadia Tahiri Master's (finished) and Ph.D student / �tudiante � la maitrise (termin�e) et au doctorat en informatique tahiri.nadia at courrier.uqam.ca


	Matthieu Willems Master's (finished) and Ph.D student / �tudiante � la maitrise (termin�e) et au doctorat en informatique willems.matthieu at courrier.uqam.ca


	Iurie Caraus Ph.D student / �tudiant au doctorat en informatique


	Alexandre Gondeau Ph.D student / �tudiant au doctorat en informatique

Master's students / Maitrise


	Nancy Badran Master's student / �tudiante � la maitrise en informatique


	Nadine Bisson Master's student / �tudiante � la maitrise en informatique

Anciens �tudiants et post-docs

Postdocs


	Laszlo Szathmary Postdoc Emploi actuel: Professor at University of Debrecen, Hungary


	Dmytro Kevorkov Postdoc Emploi actuel: Research Associate, Concordia University, Montreal


	Alena Tsikhanovich Postdoc Emploi actuel: Senior Researcher, Famic Technologies Inc., Montreal


	Alix Boc Postdoc Web Site Emploi actuel: Senior software developer at Code3, Montreal


	Ch�rif Mballo Postdoc Emploi actuel: Conseiller S�nior en Mod�lisation Statistique, Gestion du Risque de Cr�dit chez Desjardins, Levis, QC


	Jingxin Xie Postdoc Emploi actuel: Senior Research Engineer at Nuance Communications, Montreal


	Andrei Gagarin Postdoc Emploi actuel: Research Associate, Royal Holloway, University of London

Ph.D students / �tudiants au doctorat


	Alix Boc Master's and Ph.D student / �tudiant � la maitrise et au doctorat en informatiqueWeb Site Emploi actuel: Senior software developer at Code3, Montreal


	Etienne Lord Ph.D student / �tudiant au doctorat en informatique Emploi actuel: Postdoctoral fellow, Universit� de Montr�al/Universit� du Qu�bec � Montr�al lord.etienne at courrier.uqam.ca


	Dunarel Badescu Master's and Ph.D student / �tudiant � la maitrise et au doctorat en informatique Emploi actuel: Bioinformatics specialist, McGill University


	Plamen Dragiev Ph.D student / �tudiant au doctorat en informatique Emploi actuel: Senior software developer, Ericsson, Montreal


	Mehdi Layeghifard Ph.D student / �tudiant au doctorat en sciences biologiques Emploi actuel: Postdoctoral researcher, University of Toronto


	Alpha Boubacar Diallo Master's and Ph.D student / �tudiant � la maitrise et au doctorat en informatique Emploi actuel: Bioinformatics specialist, DNAnexus, Mountain View, California, USA


	Dung Nguyen Ph.D student / �tudiant au doctorat en informatique cognitive Emploi actuel: Senior software developer, Banque Nationale, Montreal


	Abdoulaye Banire Diallo Master's and Ph.D student / �tudiant � la maitrise et au doctorat en informatique Emploi actuel: Professor, Computer Science, Universit� du Qu�bec � Montr�al

Master's students / �tudiants � la maitrise*


	Pablo Zentilli Master's student / �tudiant � la maitrise en informatique Emploi actuel: Software developer, Analystik inc, Montr�al


	Tania Joly Master's student / �tudiante � la maitrise en informatique Emploi actuel: Applications Analyste, Soci�t� de transport de Montr�al


	Adel Younes Master's student / �tudiant � la maitrise en informatique Emploi actuel: Software developer, ST2i, Montr�al


	Rabah Djema Master's student / �tudiant � la maitrise en informatique


	Abdellah Mazouzi Master's student / �tudiant � la maitrise en informatique

* Master's students who continued their graduate studies at the PhD level are indicated in the PhD students list/ Les �tudiants de maitrise qui ont ensuite continu� au doctorat sont indiqu�s dans la liste des �tudiants de doctorat.

Derni�res publications

Liste compl�te des publications

Logiciels d�velopp�s

	T-REX web server (link)	The T-REX web server allows users to perform several popular methods of phylogenetic analysis as well as some new phylogenetic applications for inferring, drawing and validating phylogenetic trees and networks which we have developed. Standalone software Program T-REX (tree and reticulogram reconstruction)
	Armadillo workflow platform (link)	Armadillo is a workflow platform dedicated to phylogenetic as well as general bioinformatics analysis. A number of important computational biology tools have been included in the first release. The Armadillo platform is open-source and allows users to develop their own modules and/or integrate existing computer applications.
	HTS Corrector (link)	HTS Corrector software is designed to examine and visualize HTS data and correct experimental HTS assays.
	CRISPR-Cas9 (data and program repository) (link)	CRISPR-Cas9 benchmark data and program repository for on- and off-target experiments.
	Program OVW (link)	Optimal variable weighting for ultrametric and additive clustering and k-means partitioning (Universit� de Montr�al).
	Linear and Polynomial RDA and CCA (link)	Linear and polynomial canonical analysis (Universit� de Montr�al).
	Robinson and Foulds software (link)	Program for computation of the Robinson and Foulds topological distance between two phylogenetic trees. (Universit� de Montr�al).